259年8月11日，蒙哥因病去世在合州钓鱼山，由于没有在临终前留下遗诏确定继承人，导致了此后忽必烈与阿里不哥为争夺汗位而内战五年。蒙哥去世后最有资格和可能继承汗位的，除了旭烈兀就是忽必烈和阿里不哥。阿里不哥是拖雷的嫡子和蒙哥的亲弟弟，而且是最小的。这种身份在蒙古人那里，地位非常特殊。因为蒙古人最看重的是嫡幼子，称他们为“看守火和灶”的人。所以蒙哥决定御驾亲征时，留守哈剌和林的便是幼弟阿里不哥和自己的嫡幼子玉龙答失。实际上阿里不哥一直生活在漠北。对他来说草原世界比农耕社会更有吸引力。因此他对长兄蒙哥忠心耿耿，却不喜欢也不信任忽必烈和旭烈兀。
当时忽必烈和阿里不哥的支持率是大致相当的，阿里不哥唯一占据优势的，是幼子守灶的传统。但是，这个传统，其实是在成吉思汗之前流行的，或者是在蒙古民间流行的，从成吉思汗开始，到窝阔台，到贵由，到蒙哥，从来没有执行过。也就是说，这基本上是一条被废了的传统。所以，就算这一点，阿里不哥也不占优势。相比之下阿里不哥在忽里台召开的大会上比他的二弟忽必烈更加有号召力，忽必烈在蒙古的名号要比他的哥哥阿里不哥更响亮。西道诸王是偏向支持阿里不哥，是因为他不支持二弟行汉法，并不是因为欣赏阿里不哥的才华，两人的汗位相争其实关系到了要不要实施汉法。而战功，是立大汗最重要的一个考量。有一个实际的证明，为什么蒙哥会御驾亲征，亲自带领军队向南宋发动进攻？就是因为他看到忽必烈在经略漠南以后，立下了赫赫战功，获得了巨大的支持，他心里慌张，所以才会这样做。既然蒙哥作为大汗，没有战功，都忌惮忽必烈，何况是阿里不哥。
作为嫡幼子，阿里不哥原本就有竞争汗位的天然优势，何况他们一伙还据守在帝国的心脏哈剌和林。要知道，按照传统，选举大汗的忽里台只有在漠北召开，才具有毋庸置疑的合法性。那就等着忽必烈来开会。忽必烈很清楚，现在回到哈剌和林，根本就争不过阿里不哥，反倒很有可能被逼出两难选择：擦枪走火或者俯首称臣。两种结果都不是忽必烈想要的，也不是他能要的。他要的是凭借实力登上汗位，这就必须有赫赫战功，必须漂亮地打他一仗。
因此忽必烈决定，突破长江防线围攻鄂州。鄂州就是今天的武汉市武昌区，也是南宋在长江流域的大城市，结果忽必烈久攻不下。两个月后，他的妻子派人从哈剌和林送来消息，阿里不哥在漠北调兵遣将，眼看就要自立为汗。忽必烈没有办法，只好一面与南宋议和，一面派兵到湖南长沙接应兀良合台，自己则领军北上。
1260年春，忽必烈放弃了对南宋的进攻，率军返回开平准备迎战阿里不哥。根据《元史》上的记载，忽必烈在回到开平后，许多宗王请求他继承汗位，在经过三次象征性的拒绝后，忽必烈于5月5日召开了一次忽里台大会，并被众人选举为大汗。可事实却是，大部分蒙古贵族都没有出席忽必烈召集的这次会议，因此他的当选并不被大多数人所认可。不久，阿里不哥在哈剌和林宣布继承大汗之位。如此一来，蒙古帝国就出现了两位“大汗”相抗衡的局面。
当时蒙古帝国的三个主要汗国中，金帐汗国和察合台汗国都支持阿里不哥，只有伊利汗国的旭烈兀支持忽必烈。然而，当时伊利汗国和金帐汗国之间因对外高加索地区的支配权爆发了战争，所以旭烈兀的主要精力都放在中亚这边，对忽必烈在汗位之争中所起到的帮助很少。虽然在蒙古贵族阶层中，忽必烈的支持人数不及阿里不哥，但他也有自己的优势。首先是忽必烈的亲汉举动得到了当时大部分北方汉人的支持，这使得忽必烈可以充分利用中国北方的资源；其次是中原地区是忽必烈的势力范围，他可以通过封锁这些地区来切断阿里不哥的粮食供给。
忽必烈和阿里不哥是两位截然不同的统治者，从客观的角度分析，忽必烈善于学习外来文化并合理运用，阿里不哥则显得有一些墨守成规。忽必烈到南方后，并没有和其他蒙古人一样将汉人当做奴隶。忽必烈重用汉人，将许多汉人中的能人异士收归帐下。忽必烈允许汉人们自由言论，并且，十分重视汉人提出的建议。
1260年4月，阿里不哥率兵从关中出发，讨伐忽必烈。5月，忽必烈以阿里不哥叛乱为由，立即调兵7000人严正以待，准备迎接阿里不哥的攻击。因忽必烈早有准备，所以阿里不哥来袭之时，忽必烈的部下全力以抗，将阿里不哥的部队击败，阿里不哥见此便匆忙返回。随后。阿里不哥又派遣部队进攻忽必烈所在地，但是忽必烈派得力助手前去迎敌，再一次将阿里不哥的军队打败。阿里不哥和忽必烈进行了四年汗位争夺大战。当阿里不哥向忽必烈第三次发动战争时，忽必烈决定亲自讨伐阿里不哥。因为实力差距悬殊，所以，阿里不哥向忽必烈称臣，忽必烈相信了他，继续让他成为哈剌和林的首领，镇守此地。不想阿里不哥依然不死心，继续向忽必烈发动战争。这一次，忽必烈再次亲自讨伐阿里不哥，忽必烈杀掉阿里不哥士兵3000多人。忽必烈不想杀掉阿里不哥，希望他能悔过之新，所以，忽必烈一直在打追击战，双方进行了10余天持久战。1264年，绝境中的阿里不哥向忽必烈投降，长达五年的汗位之争终告结束。忽必烈将阿里不哥囚禁起来，过了两年后，阿里不哥去世，又有一说法是，忽必烈毒杀了阿里不哥。
这次内战导致了蒙古内部的巨大分裂，阿里不哥失败后各大汗国纷纷独立。蒙古虽打下了巨大的土地面积，却没有了统一的政权。
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